Plusieurs milliers d\'années après un mystérieux phénomène qui a transformé toute l\'humanité en pierre, Senku, un lycéen féru de science, parvient à sortir de son cocon minéral. Dans ce monde où désormais toute civilisation a disparu, il décide d\'utiliser la science pour tout rebâtir. Avec l\'aide de son ami d\'enfance, l\'infatigable Taiju Ôki qui a lui aussi recouvré sa liberté, ils vont devoir repartir de zéro. Ainsi commence leur aventure pour se réapproprier des milliers d\'années d\'histoire de la science, de l\'Âge de pierre à leurs jours.