Épisodes: 49 - 96 Arc Oracion Seis (Ep 49 - 68) Les guildes de Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale et Cait Shelter forment une alliance pour détruire la puissante guilde noire des Oracion Seis, qui n'est pourtant composée que de 6 membres. Arc Daphné (Ep 69 - 72) Daphné veut capturer Natsu pour créer un dragon artificiel. Grey décide de s’associer avec elle pour l’aider et, par la même occasion, régler ses différends avec Natsu. Ainsi, il trahit Fairy Tail. Arc Edolas (Ep 73 - 96) La ville de Magnolia disparaît avec tous ses habitants sauf Natsu, Wendy, Gajil, Lucy, Happy et Carla. Ils découvrent qu’elle se trouve dans un autre monde : Edolas.