Après sa victoire à la Conférence Argentée, Sacha s'attaque à son prochain défi : la région lointaine de Hoenn ! Il laisse derrière lui ses vieux amis à qui il doit dire au revoir, mais il fait la connaissance de Flora, une jeune Dresseuse qui débute son voyage Pokémon. En compagnie du petit frère de Flora, Max, et du fidèle Pierre, nos héros Dresseurs Pokémon se lancent à la poursuite de leurs rêves : Sacha remporte trois Badges, tandis que Flora décide de devenir Coordinatrice de Pokémon.